Driften af en destillationskolonne kræver mestring af materialebalance, damp-væskebalance og varmebalance.
Materialebalance refererer til princippet om, at mængden af materiale, der kommer ind i kolonnen pr. tidsenhed, skal svare til summen af de mængder materiale, der forlader kolonnen. Materialebalancen afspejler kolonnens produktionskapacitet og reguleres primært af tilspændingshastigheden og top- og bundtømningshastighederne. Under drift afspejles ændringer i materialebalancen specifikt på væskeniveauet i bunden af søjlen. Når søjlens drift afviger fra den samlede materialebalance, kan det afspejle sig i ændringer i søjlens trykforskel. For eksempel, hvis mere materiale kommer ind end ud, vil kolonnetrykforskellen stige.
For en fast destillationskolonne skal kolonnens trykforskel være inden for et vist område. Hvis trykforskellen er for stor, er den stigende damphastighed i søjlen for høj, hvilket resulterer i alvorlig tågeindblanding og endda oversvømmelse, hvilket forstyrrer normal drift. Hvis trykforskellen er for lille, er den stigende damphastighed i kolonnen for lav, hvilket reducerer gas-væskemasseoverførselseffekten på bakkerne og forårsager endda lækage, hvilket reducerer bakkeeffektiviteten betydeligt. Dårlig materialebalancekontrol kan føre til kaotisk drift af hele kolonnen; at mestre materialebalance er et afgørende aspekt af kolonnedrift. Hvis den normale materialebalance forstyrres, vil det påvirke de to andre balancer: gas-væskebalancen vil ikke opnå den forventede effekt, og den termiske balance vil også blive forstyrret og skal justeres.
